¿Qué programa de contabilidad elegir para una tienda online <em>cuyas transferencias nunca cuadran</em>?
Shopify te paga una cantidad, Stripe otra, Amazon una tercera cada catorce días. Ninguna es tu facturación. Ahí es donde se juzga un programa de contabilidad.
Una tienda online casi nunca cobra el precio de lo que vende. Cobra una transferencia neta: las ventas cobradas, menos las comisiones, menos las devoluciones, a veces menos una disputa abierta semanas antes. Si tu programa registra esa transferencia como ingreso, tu facturación sale corta, el IVA también, y tu gestor pierde horas rehaciéndolo.
Por eso hemos comparado cada programa por un solo hilo: el camino del dinero, del pedido al extracto del banco. Qué importa su conexión con la tienda, cómo trata las comisiones, si separa el IVA por país, si lleva el stock y qué cuesta. Y en España hay un segundo examen: Verifactu, que la ley fija en 2027 para los tickets de tu tienda, con un nuevo aplazamiento ya anunciado.
La respuesta corta. ¿Vendes en Shopify o WooCommerce y quieres que pedidos, devoluciones y stock lleguen solos? Holded, con integración oficial en las dos plataformas. ¿Tienda pequeña y el precio manda? Quipu, que convierte cada pedido de Shopify o cada cobro de Stripe en factura. ¿Quieres un ERP con tienda, stock y contabilidad en la misma base? Odoo, con un integrador.
Todos los precios son sin IVA, sacados de las páginas oficiales de cada editor en 2026.
El ranking es editorial: una posición patrocinada siempre se señala en su ficha, y ningún enlace de afiliado cambia una nota.
El programa adecuado para tu tienda
Los 5 programas de contabilidad para ecommerce, lado a lado
La columna «Lo que llega de la tienda» responde a la pregunta del día a día: ¿qué entra en tu contabilidad sin que lo teclees?
| Mejor para | Lo que llega de la tienda | Plan gratis | Tamaño del equipo | Ver | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Holded | El mejor para Shopify y WooCommerce | Pedidos pagados, productos, clientes, stock y devoluciones | 4.1/5 | 15 € al mes (Plus) | — | Tiendas con stock y equipo pequeño | Ver → |
| 2 | Quipu | El mejor precio con conexión | Pedidos de Shopify y WooCommerce, cobros de Stripe | 3.8/5 | 17 € al mes (Starter) | — | Autónomos y micropymes | Ver → |
| 3 | Odoo | El mejor ERP con tienda | Shopify y Amazon con módulos de terceros | 3.5/5 | Una aplicación gratis, usuarios ilimitados | ✓ | Pymes que quieren un ERP | Ver → |
| 4 | Sage 50 | El mejor si tu asesoría usa Sage | Ventas por importación | 3.6/5 | Desde 45 € al mes | — | Tiendas llevadas por una asesoría con Sage | Ver → |
| 5 | Anfix | El más barato para empezar | Ventas por importación o a mano | 3.7/5 | 5,99 € al mes (4,99 € anual) | — | Tiendas con pocos pedidos | Ver → |
Importes sin IVA, tal como los muestra cada editor en 2026. En Odoo, la primera aplicación no cuesta nada; en cuanto activas una segunda, pagas por cada usuario.
¿Tu herramienta no está en esta página? Escríbenos: hello@hackceleration.com
Cómo hemos comparado estos programas
Busca «programa de contabilidad para ecommerce» y mira quién responde. Los primeros resultados son blogs de plataformas y comparativas traducidas del inglés: herramientas estadounidenses, impuestos de Estados Unidos, ni una palabra de la ventanilla única del IVA ni de Verifactu, y ningún programa español. Para una tienda española, eso no sirve.
Hemos seguido el dinero. De cada programa hemos leído la página oficial de integraciones y la de precios, y después las opiniones públicas de clientes, empezando por las malas. Una conexión que se anuncia pero no importa nada vale menos que una buena importación manual.
QuickBooks y Xero quedan fuera: no tienen oferta española adaptada a la contabilidad y fiscalidad españolas. Los conectores anglosajones (A2X, Link My Books, Synder) no se conectan con un programa español y no publican precios en euros: tienen su apartado más abajo. La nota es la misma de la herramienta en todas nuestras páginas; el puesto sigue nuestros cinco criterios pensados para una tienda.
- Conexión con tienda y pagosLo que el programa importa solo de Shopify, WooCommerce, Amazon y Stripe, y lo que cuentan los vendedores.30 %
- Transferencia neta desglosada¿Separa ventas, IVA, comisiones y devoluciones dentro de una liquidación, con una cuenta puente por medio de cobro?25 %
- IVA por país y VerifactuIVA repercutido por país de la UE y tickets conformes con Verifactu. El cálculo de la ventanilla única se juzga en otra página.15 %
- Stock y coste de ventasStock sincronizado con la tienda y valor del inventario al cierre.15 %
- Precio para una tiendaLa factura mensual real en el plan que hace el trabajo, no el precio de entrada.15 %
Ningún enlace de afiliado cambia una nota o un puesto.
Las conexiones y las tarifas cambian cada año. Recibe los cambios antes de tu próximo cierre
Holded
Holded es el programa español con la conexión más completa a las tiendas online. Su integración oficial con Shopify trae los pedidos, los productos, los clientes y el stock. Una devolución en Shopify se convierte en nota de crédito. Con WooCommerce, el plugin oficial importa los pedidos completados y sincroniza el stock en los dos sentidos. Con Amazon, la importación de pedidos es básica.
Hay tres letras pequeñas que conviene leer antes. Solo se importan los pedidos pagados. Cada producto necesita su SKU, o la sincronización falla. Y los impuestos por país, clave si vendes a Francia o Alemania por encima de la ventanilla única, solo están en el plan Premium.
Lo que Holded no hace solo es desglosar la liquidación de Shopify Payments o de Stripe: la comisión hay que registrarla aparte, con una cuenta puente. Para Verifactu, pregunta cómo emitirá Holded los tickets de tus pedidos: nuestra página de programas Verifactu compara cómo lo prepara cada editor.
- Integración oficial con Shopify: pedidos, productos, clientes, stock
- Plugin oficial de WooCommerce con stock en los dos sentidos
- Devoluciones convertidas en notas de crédito
- ✓La conexión más completa del ranking
- ✓Stock sincronizado con la tienda
- ✓Planes por volumen de facturas
- ✗Impuestos por país solo en Premium
- ✗SKU obligatorio en cada producto
- ✗No desglosa las comisiones de la liquidación
Nuestra primera opción para una tienda española en Shopify o WooCommerce. Revisa que todos tus productos tengan SKU antes de conectar, y elige el plan por tu volumen anual de facturas.
Quipu
Quipu es un programa español de facturación y contabilidad pensado para autónomos y pequeñas empresas. Su conexión con Shopify crea un ticket o una factura por cada pedido, según lo configures. También se conecta con WooCommerce, y con Stripe genera una factura por cada cobro.
Para una tienda pequeña, esto resuelve lo más pesado: que cada venta tenga su documento sin hacerlo a mano. Lo que no resuelve es la comisión. Stripe te paga el neto, y la diferencia la tienes que registrar en una cuenta puente.
Quipu no describe nada sobre la ventanilla única del IVA. Si vendes a otros países de la UE por encima de 10.000 €, necesitarás otra herramienta para el IVA por país. El precio es su mejor argumento: 17 € al mes en Starter, o 168 € al año.
- Ticket o factura por cada pedido de Shopify
- Factura por cada cobro de Stripe
- Conexión con WooCommerce
- ✓Precio bajo con conexión real
- ✓Simple para un autónomo
- ✗Nada sobre IVA por país
- ✗No desglosa las comisiones
- ✗Sin stock
La opción más barata con conexión a la tienda. Si superas el umbral de la ventanilla única o tienes stock que valorar, pasa a Holded.
Odoo
Odoo es un ERP por aplicaciones: tienda online, ventas, inventario, compras, contabilidad. Si tu tienda funciona en el propio Odoo, el pedido, la salida de stock y el asiento contable viven en la misma base, sin conector entre programas.
Si vendes en Shopify o Amazon, cambia la cosa. Los conectores son módulos de editores terceros, en la tienda de aplicaciones de Odoo, y su mantenimiento depende de la versión. Compruébalo antes de firmar.
El método que funciona con Odoo es el de las asesorías: una cuenta de compensación por medio de cobro, y conciliar las transferencias, nunca los pedidos uno a uno. Gratis con una sola aplicación; al sumar contabilidad e inventario, todo pasa a suscripción por usuario y el integrador se convierte en el primer coste.
- Tienda, stock y contabilidad en la misma base
- Conciliación por cuenta de compensación
- Una aplicación gratis para empezar
- ✓El más completo del ranking
- ✓Stock y coste de ventas nativos
- ✗Conectores de Shopify y Amazon de terceros
- ✗Integrador casi siempre necesario
- ✗Suscripción por usuario desde dos aplicaciones
Para quien quiere un ERP y tiene presupuesto de integrador. Para una tienda Shopify que solo quiere una contabilidad correcta, es demasiado.
Sage 50
Sage 50 es un programa de contabilidad clásico en las pymes españolas y en muchas asesorías. Su ventaja para una tienda es trabajar en el mismo programa que tu asesor, sin exportaciones.
Para el ecommerce no aporta nada propio: no describe conexión con Shopify, WooCommerce ni Stripe. Las ventas entran por importación, y la cuenta puente y las comisiones las montas tú. Desde 45 € al mes.
- El mismo programa que muchas asesorías
- Contabilidad completa
- ✓Intercambio sencillo con la asesoría
- ✓Programa conocido
- ✗Ninguna conexión con la tienda
- ✗Liquidaciones a desglosar a mano
- ✗Más caro que Quipu o Anfix
Quédate en Sage 50 si tu asesoría lo usa y tienes pocos pedidos. Si no, un programa que importe tus ventas te ahorra más que la diferencia de precio.
Anfix
Anfix es un programa español de contabilidad y facturación en la nube, con el precio de entrada más bajo del ranking: 5,99 € al mes, 4,99 € en anual. No hemos encontrado ninguna integración con tiendas online, así que entra aquí por una sola razón: para una tienda que empieza, una contabilidad barata y ordenada vale más que una conexión que no necesita todavía.
Ojo al límite de facturas. El plan Básico cubre 60 al año, el Avanzado 300, el Profesional 1.200. Una tienda que emite una factura por pedido lo supera rápido: haz una factura resumen por liquidación de la plataforma si tu asesor lo valida.
- Precio de entrada más bajo del ranking
- Planes por número de facturas
- ✓Muy barato para empezar
- ✓Simple
- ✗Ninguna integración con tiendas
- ✗Límite de facturas al año
- ✗Todo se importa o se teclea
Para tus primeros meses. En cuanto pases de unas decenas de pedidos al mes, Quipu o Holded te ahorran el tecleo.
Qué hay dentro de una liquidación
Shopify Payments, Stripe y PayPal te pagan un importe agrupado, días después de las ventas. Amazon liquida cada catorce días. Así lo desglosa un asesor, y esto es lo que tu programa debe permitir.
El cálculo de la transferencia
La cuenta puente
Comisiones de marketplace y de pasarela
Verifactu y los tickets
- Abre una cuenta puente por cada medio de cobro.
- Concilia cada transferencia con el informe de pagos de la plataforma, no pedido a pedido.
- Separa comisiones de marketplace y de pasarela en dos cuentas.
- Registra las ventas en su fecha, no en la de la transferencia.
- Conecta PayPal aparte: sus cobros no aparecen en las transferencias de Shopify.
- Comprueba que tu plugin de facturación no modifica ni borra facturas.
Otras herramientas que verás, y por qué no están
Las comparativas en inglés recomiendan un dúo: un programa de contabilidad más un conector que resume cada liquidación. Funciona muy bien, pero no con un programa español.
A2X: el resumen de cada liquidación de Shopify y Amazon
ConectorA2X lee cada liquidación de Shopify o Amazon y la escribe como un asiento resumen: ventas, IVA, comisiones y devoluciones, cada una en su cuenta. Permite una cuenta de IVA por país y una opción para la ventanilla única. Sus usuarios lo valoran muy bien. Pero solo se conecta con QuickBooks Online, Xero y NetSuite, y sus precios solo están en dólares.
- Programas compatibles
- QuickBooks Online, Xero, NetSuite
Link My Books: el mismo principio, más canales
ConectorLink My Books resume también las liquidaciones de Amazon, eBay, Etsy, Shopify, WooCommerce y otros canales, con usuarios ilimitados y prueba de 14 días. Solo trabaja con Xero y QuickBooks Online, y sus precios están en libras, dólares estadounidenses o australianos.
- Prueba
- 14 días
Synder: venta a venta en lugar de liquidación
ConectorSynder sincroniza cada venta, comisión y devolución por separado, desde Shopify, Amazon, Stripe y PayPal. Más detalle, pero un libro mayor que crece rápido. Se conecta con QuickBooks Online y Xero, y sus precios solo están en dólares.
- Programas compatibles
- QuickBooks Online, Xero
Seis hábitos para que la contabilidad de tu tienda cuadre
La mayoría de los descuadres vienen de una liquidación mal leída o de un medio de cobro olvidado. Seis hábitos sacados de asesorías de ecommerce y foros de vendedores.
Sabe cuándo automatizar
VolumenLas asesorías especializadas sitúan el punto de cambio entre 300 y 500 pedidos al mes. Por debajo de unos 200, una exportación mensual ordenada basta. Por encima, teclear cuesta más que un programa conectado.
- Umbral habitual
- 300 a 500 pedidos al mes
Prueba la conexión con un mes real
Antes de pagarDurante la prueba gratuita, importa un mes completo de ventas y compara el total con el informe de tu tienda. Cualquier diferencia te dice lo que vale la conexión.
- Control
- Total importado contra informe de la tienda
Pon SKU a todo antes de conectar Holded
HoldedLa integración de Holded con Shopify exige un SKU en cada producto. Revisa tu catálogo antes de conectar, o tendrás pedidos que no se importan.
- Requisito
- SKU en cada producto
Conecta PayPal aparte
ShopifyLos pagos de PayPal no pasan por las transferencias de Shopify Payments: llegan a tu cuenta PayPal. Abre una cuenta puente propia para PayPal.
- Cuenta
- Cuenta puente PayPal
Vigila los 10.000 €
Unión EuropeaPor encima de 10.000 € al año en ventas a distancia a otros países de la UE, aplicas el IVA del país del cliente y lo declaras por la ventanilla única. En Holded, los impuestos por país solo están en Premium. Para el cálculo y la declaración, mira nuestra comparativa de software de IVA internacional.
- Umbral
- 10.000 € al año
Nunca edites una factura devuelta
VerifactuCon Verifactu, una factura emitida no se toca. Si un cliente devuelve un pedido, emite una rectificativa. Revisa que tu plugin de la tienda no permita editar ni borrar facturas.
- Devolución
- Factura rectificativa
¿Tu caso es algo distinto? Ve aquí
Esta página mira la contabilidad desde el flujo del dinero de una tienda. Estas páginas responden a las preguntas vecinas.
Cálculo y declaración de la ventanilla única.
Tu stock sale por varios canalesSoftware de inventario para ecommerceStock sincronizado entre tienda y marketplaces.
Quieres pagar menos comisionesPasarelas de pago para ecommerceStripe, PayPal, Adyen y las demás.
Aún no has elegido plataformaLa mejor plataforma de ecommerceShopify, WooCommerce, PrestaShop y otras.
Te preocupa VerifactuProgramas de facturación VerifactuCómo prepara cada programa sus facturas.
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Programa de contabilidad para ecommerce · FAQ
¿Cuál es el mejor programa de contabilidad para una tienda online?
Para una tienda en Shopify o WooCommerce con stock, Holded, por su integración oficial con pedidos, productos, clientes y stock. Si eres autónomo con pocos pedidos, Quipu cuesta 17 € al mes y crea una factura por pedido.¿Afecta Verifactu a mi tienda Shopify?
Sí. Las facturas simplificadas de tus pedidos tendrán que salir de un sistema conforme, cada una con su QR, según la ley vigente a partir de 2027, aunque Hacienda ya ha anunciado un nuevo aplazamiento. Lo que más falla en las tiendas son los plugins que editan o borran facturas: con Verifactu, una devolución se corrige con una rectificativa.¿Cómo contabilizo las comisiones de Amazon y Stripe?
Con una cuenta puente para cada uno. Las ventas entran en bruto con su IVA, la comisión sale como gasto, y la transferencia al banco salda la cuenta. Las comisiones de marketplace y las de pasarela van a cuentas distintas porque su IVA no se trata igual.¿Necesito darme de alta en la ventanilla única (OSS)?
Solo si tus ventas a distancia a otros países de la UE superan 10.000 € al año, todos los países juntos. Por debajo, aplicas el IVA español. Por encima, aplicas el IVA del país del cliente y lo declaras desde España por la ventanilla única.¿Holded se conecta con Shopify?
Sí, con integración oficial: pedidos pagados, productos, clientes y stock, y las devoluciones se convierten en notas de crédito. Cada producto necesita un SKU, y los impuestos por país solo están en el plan Premium.¿Shopify puede sustituir a un programa de contabilidad?
No. Shopify sigue pedidos, transferencias y sus propias comisiones, pero no lleva libro mayor ni presenta impuestos. Te da los informes que tu programa necesita: el de pagos y la factura mensual, en el menú Finanzas.
